เนื้อเรื่องหลักของซามูไรดีปเปอร์ เคียว นั้นคือการตามหาร่างที่แท้จริงของเคียว ซึ่งจะมีเนื้อเรื่องรองอยู่มากมาย โดยเฉพาะปมปริศนาเกี่ยวกับตระกูลมิบุ ไม่ว่าจะเป็นตัวตนที่แท้จริงของจักรพรรดิแดงรุ่นก่อน การมีอยู่ของตระกูลมิบุ จุดประสงค์ของเคียวชิโร่ รวมถึงโรคแห่งความตาย ซึ่งจะค่อย ๆ ถูกเปิดเผยในช่วงท้าย ๆ นอกจากเรื่องเกี่ยวกับตระกูลมิบุแล้วยังมีการต่อสู้กับโอดะ โนบุนากะอีกด้วย